在蛋白纯化过程中，提高纯度可从多个环节入手。首先是材料预处理及细胞破碎，根据目标蛋白特性选择合适方法，如机械破碎法、酶法等，确保细胞破碎充分且不破坏目标蛋白活性。接着进行蛋白质抽提，选用适宜缓冲液，注意控制pH、离子强度和温度，避免蛋白变性。粗分离阶段，利用等电点沉淀法、盐析法或有机溶剂沉淀法，依据蛋白溶解度差异初步分离目标蛋白，操作时需留意低温环境和试剂浓度，防止蛋白变性或损失。

进一步纯化时，可采用凝胶过滤层析、离子交换纤维素层析、亲和层析等方法，根据蛋白分子量、电荷、亲和性等特性优化层析条件，如调整缓冲液pH、离子强度、流速等，必要时联合多种方法提升纯度。同时，关注纯化过程中的常见问题，如蛋白变性、回收率低等，通过使用蛋白质稳定剂、优化提取步骤、选择高效纯化方法等进行改善。

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