蛋白纯化的常用方法主要包括以下几类：

1. 离子交换色谱：利用蛋白质表面电荷差异进行分离。蛋白质在不同pH溶液中带不同电荷（pH<pI带正电，pH>pI带负电），通过与离子交换树脂的电荷相互作用实现分离。
2. 亲和色谱：基于生物大分子的特异性识别（如His标签蛋白与镍柱结合），目标蛋白与固定相配体特异性结合，其他杂质流出后通过洗脱获得高纯度蛋白。
3. 凝胶过滤层析（分子筛）：根据分子大小分离。大分子无法进入凝胶孔道，先被洗脱；小分子进入孔道后流出，适用于去除杂质或分离不同大小的蛋白。
4. 疏水色谱：利用蛋白质表面疏水区与介质疏水配体的相互作用。高盐环境下疏水区暴露并吸附，降低盐浓度后蛋白质水化被洗脱。
5. 电泳（如SDS-PAGE）：通过电场力分离不同大小或电荷的蛋白质，可初步分离或验证纯度。
6. 溶液分离法：包括盐析（如硫酸铵沉淀）、超滤等，用于初步粗提或浓缩蛋白。

实际操作中常结合多种方法（如亲和层析粗提+凝胶过滤精纯）以提高纯度。

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