AKTA蛋白质纯化仪主要基于液相层析技术实现蛋白质的纯化。其原理是让溶于流动相中的各组分经过固定相时，由于与固定相发生作用的大小、强弱不同，在固定相中滞留时间不同，从而先后从固定相中流出，进而达到分离纯化的效果。常见的层析方法包括凝胶过滤（根据分子大小和形状分离，分子量较大的先出峰，小的后出峰）、离子交换色谱（利用静电相互作用使样品结合到凝胶上，通过盐浓度梯度或更换缓冲液pH值洗脱，酸性蛋白质推荐阴离子交换，碱性蛋白质推荐阳离子交换）、疏水作用色谱（利用蛋白质、多肽在高盐下结合疏水凝胶，盐浓度降低时解脱实现分离）、亲和层析色谱（利用蛋白质、多肽与配基的特异性相互作用分离，如酶 - 底物、抗原 - 抗体等）。

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