蛋白纯化的常用方法主要包括以下几类：

1. 沉淀法：通过改变溶液条件使蛋白质析出，如盐析（利用中性盐调节溶解度）、等电点沉淀（调节pH至蛋白质等电点降低溶解度）、低温有机溶剂沉淀（甲醇、乙醇等降低极性使蛋白质析出）。
2. 层析法：核心纯化技术，包括离子交换层析（利用电荷差异分离）、凝胶过滤（分子筛，基于分子大小分离）、亲和层析（利用特异性配体结合目标蛋白）、疏水作用层析（基于疏水性差异吸附）、聚焦层析（基于等电点差异）等。
3. 电泳与超滤：电泳通过电场中电荷差异分离蛋白质；超滤利用半透膜分离大分子与小分子。
4. 超速离心：根据蛋白质密度与形态差异进行分离，可同时测定分子量。
5. 高效液相色谱（HPLC）：快速高效的纯化技术，适用于大规模或高纯度制备。

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