蛋白纯化的常用方法主要包括以下几类：

1. 亲和层析法：利用目标蛋白与固定基质上的特异性配体（如抗体、小分子等）的亲和力进行选择性吸附分离，是重组蛋白纯化中最常用的方法之一。
2. 凝胶过滤层析法（分子排阻层析）：基于蛋白质分子大小差异，通过不同孔径的凝胶介质分离，适用于去除大分子杂质或按分子量分级。
3. 离子交换层析法：利用蛋白质在特定pH条件下的带电性质，与带有相反电荷的树脂结合，通过改变离子强度或pH洗脱目标蛋白。
4. 疏水色谱法：基于蛋白质表面的疏水性差异，在高盐环境下与疏水树脂结合，通过降低盐浓度洗脱分离。
5. 溶液分离法：包括超滤（通过膜过滤分离不同分子量蛋白）、离心（分离细胞碎片或亚细胞成分）、沉淀（如硫酸铵沉淀）等，常用于粗分离阶段。
6. 电泳法：通过电场作用分离不同电荷或大小的蛋白质，如凝胶电泳技术。

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