蛋白纯化常用方法主要包括以下几类：

1. 亲和层析：利用目标蛋白与固定配体的特异性结合实现分离，如镍柱（His标签与镍离子结合，通过咪唑竞争性洗脱）、GST柱、MBP柱及抗体亲和纯化等，适用于重组蛋白的高选择性纯化。
2. 离子交换层析：基于蛋白质电荷差异，通过调节pH或离子强度改变电荷状态，实现不同蛋白的分离。
3. 疏水作用层析：利用蛋白质表面疏水性差异，通过降低盐浓度削弱疏水相互作用，使目标蛋白洗脱。
4. 凝胶过滤层析（分子筛）：根据分子大小分离，大分子无法进入凝胶孔道而先流出，小分子则滞留后流出。
5. 盐析法：通过调节中性盐（如硫酸铵）浓度改变蛋白质溶解度，使目标蛋白选择性沉淀。
6. 电泳与超离心法：分别基于电荷/分子量差异、沉降系数差异实现分离。

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