蛋白纯化常用方法主要包括以下几类：

1. 亲和层析：利用目标蛋白与固定配体的特异性结合实现分离，如镍柱纯化（His标签与镍离子配位结合）、GST柱纯化（GST标签与谷胱甘肽结合）、MBP柱纯化（麦芽糖结合蛋白与麦芽糖结合）等，通过竞争性洗脱（如提高咪唑浓度）获取目标蛋白，特异性高、纯化效率突出。

2. 离子交换层析：基于蛋白质表面电荷差异分离，通过调节缓冲液pH或离子强度，使带不同电荷的蛋白与离子交换树脂结合或洗脱，适用于等电点不同的蛋白分离。

3. 凝胶过滤层析（分子排阻层析）：根据蛋白质分子大小差异分离，分子量大的蛋白先流出，小分子量后流出，可用于脱盐或缓冲液交换。

4. 疏水作用层析：利用蛋白质表面疏水区域与疏水介质的相互作用分离，通过降低盐浓度洗脱目标蛋白，适用于表面疏水特性不同的蛋白。

5. 沉淀法：包括盐析法（高浓度盐降低蛋白溶解度）、等电点沉淀法（调节pH至蛋白等电点使其沉淀）、有机溶剂沉淀法（乙醇/丙酮降低溶解度），常用于粗分离。

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