蛋白纯化常用的方法主要包括以下几类：

1. 亲和层析法：利用目标蛋白与固定基质上的特异性配体（如抗体、核酸等）的亲和力结合进行分离，具有高特异性和纯化效率。
2. 凝胶过滤层析法（分子筛过滤）：基于蛋白质分子大小和形状差异分离，通过不同孔径的凝胶基质实现非吸附性分离。
3. 离子交换层析法：依据蛋白质在特定pH条件下的带电性质，与带相反电荷的树脂吸附分离。
4. 疏水层析法：利用蛋白质的疏水性质差异，在逆流层析柱中通过疏水相互作用实现分离。
5. 溶液分离法：包括超滤、离心、沉淀等，适用于大体积溶液处理，可去除细胞碎片、低分子量杂质等。
6. 电泳法：如凝胶电泳和电泳转印技术，通过电场作用分离不同电荷或大小的蛋白质。

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