蛋白纯化常用方法主要包括以下几类：

1. 亲和层析：利用目标蛋白与特定配体（如组氨酸标签与镍离子、GST标签与谷胱甘肽等）的特异性结合进行分离，包括镍柱、GST柱、MBP柱及抗体亲和纯化等，具有高特异性和纯化效率。
2. 离子交换层析：基于蛋白质表面电荷差异，通过与离子交换树脂的电荷相互作用实现分离，适用于等电点不同的蛋白质。
3. 疏水作用层析：利用蛋白质表面疏水区域与疏水介质的相互作用分离，通常在高盐条件下吸附，低盐洗脱。
4. 凝胶过滤层析（分子筛）：根据蛋白质分子大小差异分离，可用于脱盐、缓冲液交换或分离大小差异较大的蛋白混合物。
5. 盐析法与等电点沉淀法：通过高浓度盐溶液降低溶解度（盐析）或调节pH至等电点（等电点沉淀）使蛋白析出，适用于粗分离。
6. 透析与超滤：透析用于去除小分子杂质或置换缓冲液；超滤通过膜过滤浓缩或分离不同分子量的蛋白质。

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